Mağaranın tabii kemerli bir girişi vardır. İçeri girildiğinde iki kola ayrıldığı görülmektedir. Girişte Bizans dönemine ait olduğu sanılan bir köy yıkıntısı mevcuttur. Sağdaki düz yoldan gidildiğinde bir su sarnıcı bulunmaktadır. Bu bölümde odalar ve sarkıtlar bulunduğundan Avizeli Salon denilmektedir. Mağaranın sola ayrılan diğer yolundan gidildiğinde ağızdan itibaren –250 m derinliğe kadar inilmekte ve M.Ö. 2000 yılına ait insan yaşantısı izlerine rastlanılmaktadır. Yolun başlangıcından aşağıya inildiğinde küçük bir düzlüğe ulaşılmaktadır. Buraya kadar inerken 40 kadar dönüşlü, taştan örülmüş ve viraj şeklinde bir yol kullanılmaktadır. Bu düzlükte kilise kalıntısı ve mezarlar vardır. Bu kısımda 7 adet mezar mevcuttur. Buradan sonra da yola devam edebilmek için teknik malzeme gerekmektedir. Böylece ulaşılabilen yere kadar mağaranın uzunluğu 858 m.’dir.
Orman Bakanlığı ile Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı ve FAO tarafından Kastamonu İli, Varla Kanyonu, Ilgarini Mağarası ve çevresi örnek proje alanı seçilmiştir. FAO tarafından Ilgarini Mağarası dünyanın 4. büyük mağarası ve doğa ve dünya ölçeğinde bulunmuştur.
